AutoDock : all atoms do not have autodock element field 에러

실행 환경 : Windows 10, AutoDockTools 1.5.6 Sep_17_14

사용한 파일 : PDB#5O45 protein crystal structure.

내가 조작한 것 :

1. Edit - Hydrogens - Add
(All Hydrogens, noBondOrder, Yes Renumber atoms)

2. Compute Gasteiger

3. File - Save - Write PDBQT
(no any other options)

4. Error : all atoms do not have autodock element field



그래서 찾은 이메일링 Q&A에 따라 추가 조치를 취하기 ↓

5. Edit - Atoms - Assign AD4 type

6. File - Save - Write PDBQT
(no any other options)

7. Success!!



여담들.

1. Add Hydrogens의 이유

2. Kollman charge와 Gasteiger charge의 차이점

3. PDBQT를 쓰는 이유

4. AD4 atom type이란

5. 공식 홈페이지의 Q&A 페이지