AutoDock : all atoms do not have autodock element field 에러

실행 환경 : Windows 10, AutoDockTools 1.5.6 Sep_17_14

사용한 파일 : PDB#5O45 protein crystal structure.

내가 조작한 것 :

1. Edit - Hydrogens - Add
(All Hydrogens, noBondOrder, Yes Renumber atoms)

2. Compute Gasteiger

3. File - Save - Write PDBQT
(no any other options)

4. Error : all atoms do not have autodock element field



그래서 찾은 이메일링 Q&A에 따라 추가 조치를 취하기 ↓

5. Edit - Atoms - Assign AD4 type

6. File - Save - Write PDBQT
(no any other options)

7. Success!!



여담들.

1. Add Hydrogens의 이유

2. Kollman charge와 Gasteiger charge의 차이점

3. PDBQT를 쓰는 이유

4. AD4 atom type이란

5. 공식 홈페이지의 Q&A 페이지

assume 뜻

assume은 '(사실일 것으로) 추정[상정]하다', '(권력/책임을) 맡다', '(특질/양상을) 띠다'

등의 뜻을 가지고 있다.

어쩌다가 이런 의미를 갖게 됐을까?



assume은 15세기 라틴어인 assumere, adsumere에서 유래했는데

이는 'to arrogate, take upon oneself'
('사칭하다, 횡탈하다, 침해하다', '요구한 사람이 없는데도 알아서 떠맡는 것')

'to take up, take to oneself, take besides, obtain in addition'이라는 뜻이다.
(맡다, 스스로 떠맡다, (~를 제외하고 남은 것을) 맡다, 추가로 얻다)



'to, toward, up to'의 ad-와

'to take, under'의 'sub-'와

'to take'의 'emere(*em-)'이 합쳐져서

'assume'이라는 혼종 단어가 생겨난 것이다.



'to suppose, to take for granted without proof as the basic of argument'
(추측/추정/가정하다, 증거없이 주장의 기반으로서 인정해주다)

의 의미를 띠게 된 것은 기록상 첫 사례가 1590년경 즈음이다.

우리가 자주 보는 assumed, assuming이 바로 여기에서 파생된 형태이다.

그러나 1600년대 이 단어의 뉘양스는 'to take or put on fictitiously'로

'증거는 없지만 ~할 것으로 추정된다'처럼 어느정도 공신력이 있어보이는 표현이라기보단

'그런 셈 치자'처럼 살짝 상상이나 소설틱한 느낌을 준다.

수사학(修辭學)적인 의미로는 복잡한 가설에서 공준을 표현할 때 종종 쓰였다고 한다.



앞으로 'assuming that ~'이라고 하면 '그런 엉덩이인 셈 치자'라며 받아들이자.



..그런데 아직 남은 뜻이 있다.

맨 마지막 의미, '(특질/양상을) 띠다'라는 의미가 남아있다.

이게 대체 왜 갑자기 툭 튀어나왔을까는 역시나 어원을 보면 보인다.

assume은 애초에 'to take up'이라는 의미를 내포하고 있는 단어로

'take'라는 것이 영어에서 얼마나 널리 쓰이는지는 모르지 않을 터다.

'In the story the god assumes the form of an eagle.'
(그 이야기 속에서 신은 독수리의 모습을 취하고 있다.)

라는 예문에서 assume은 '~의 모양을 띠다'로 해석되었다.

그런데 이 부분을 'take on'으로 바꾸어보아도 말이 된다.



마찬가지로 'He assumed an air of concern.'이라는 예문에서도

assume 대신 'put on'이라고 바꾸어보아도 말이 된다는 점에서 착안하면

assume이라는 단어의 분위기를 눈치챌 수 있을 것만 같다.



이 단어의 다른 파생어를 보면 아래와 같다.

assumable (adj.) : assume + -able --> 'capable of being assumed' 가정할 수 있는

assumption (n.) : assume + -tion --> 추정, 사정. (사실 다른 뜻이 더 있긴 하니 참조 링크)

assumptive (adj.) : assume + -ive --> '가정의, 추정적인, 주제넘은, 거만한', '횡령의'

presume (v.) : pre- + -sumere --> '추정하다, 여기다', '(법정에서 반대되는 증거가

나올 때까지는 무엇을 사실로) 간주하다' 미투?



assume과 presume이 똑띠 비슷한 뜻을 가진 것 같이 보이지만

엄밀하겐 분위기의 차이가 명백하다고 한다.

링크를 참조

enormous 뜻

enormous는 '막대한, 거대한'이라는 의미다.

1530년대 라틴어인 enormis는 'out of rule, irregular, shapeless; extraordinary, very large
(규칙을 벗어난, 고르지 못한, 형태가 없는; 기이한 놀라운, 매우 큰)

등의 의미지만, 주로 썩 좋지 않은 느낌의 'abnormal'의 뉘양스로 사용됐다.
(어브노멀, 비정상적인)



enormous는 'out of'를 뜻하는 ex-와 'rule, norm'을 뜻하는 norma와

라틴어의 '-is'에 해당하는 -ous가 붙어서 탄생한 혼종 단어다.

"extraordinary in size"라는 식으로 쓰인건 1540년 즈음부터인데
(심상치 않은 그 크기 크고 아름다운 것)

"outrageous"라는 식의 original sense는 enormity(n.)로 더 명확하게 보존되어 있다.



enormity는 enormous의 사촌격인 단어로

'transgression, crime, irregularity'라는 뜻이다.
(위반, 범죄, 변칙)

애초에 'outrageous'라는 뉘양스는 단어만 봐도 무언가 범위를 벗어났을 것만 같아서
(너무나 충격적인, 언어도단적인)

우리말에서도 '선을 넘었다, 도가 지나쳤다, 이건 수비범위 밖이야'처럼 표현하기도 한다.

긍정적인 느낌이 아니라 꽤나 부정적이게 들리는 단어다.



긍정적이게 선을 넘었다고 하면 보통 awesome이나 amazing, extraordinary 등으로 쓰인다.
(오진다, 개쩐다, 비범하다)

영어에서도 우리말과 마찬가지로 부정적인 어구들이 잔뜩 있다.

좋은 말들을 많이 배우고 많이 말하도록 노력해야겠다.

AWESOME AWESOME (오지고요 지리고요)!!

among 뜻

among은 '~에 둘러싸인', '~의 가운데에', '~중에', '(셋 이상이 관련된 선택에서)~간에'

등의 의미로 사용되는 전치사다.

매우 자주 쓰이고, 또한 중고등학교 어휘에도 포함되어 있을 정도로 기초적인 단어지만

나만 몰라서(...) 어원을 찾아보았다.



among은 'in, in the midst of'이라는 의미로 12세기 초부터 사용된 고대 영어
(안에, 그 중에서도)

onmang에서 왔다. 그 이후엔 amang이 됐다가, 현재에 among의 형태로 바뀌었다고 한다.

onmang 또한 ongemang의 줄임말 격이었는데, 이건 또한 on gemang을 줄인거고,

이 뜻은 'in the crowd or company (of)'이다.
(군중이나 단체 속)

초기 독일어의 *mangjan이 'to knead together'라는 뜻인데
(함께 (반죽 치대듯이) 치대다)

이 *mag-에 a-가 앞에 합쳐지면서 생겼을 것이라는게 추측이다.

여하튼 여러개 혹은 여러 사람이 모여있다는 이미지를 연상케 한다.

그래서 마그마(magma)가 마치 반죽처럼 꿀렁꿀렁한걸 말하나부다.



'a house among the trees'는 '나무에 둘러싸인 집'이고

'Discuss it among yourselves first'는 '여러분끼리 우선 그걸 논의해보세요'이고

'They divided the money up among the children'은 '아이들에게 돈을 나누어 주었다'이다.

refer to 뜻

refer to는 '~에 돌리다', '회부하다', '언급/지칭하다', '~에 조회하다', '~에 적용되다'

등 다양한 의미를 가지고 있다.

주로 refer to somebody/something의 형태로 쓰이는데, 이럴 땐

'~을 나타내다, ~와 관련이 있다', '(정보를 알아내기 위해) ~을 보다, ~에게 문의하다'

라는 의미로 사용된다.

어떻게 그런 뜻이 됐을까?



refer는 14세기 후반 즈음부터 사용된 표현으로,

'to trace back (to a first cause), attribute, assign'이라는 뜻이다.
(맨 처음 원인으로 추적해 돌아가다, ~을 ~의 결과로 보다, 배정하다/부과하다)

다시 거꾸로 돌아간다는 뜻의 're-'와, 무언가를 옮긴다 책임을 진다는 뜻의 'ferre'가 합쳐져

refer가 됐다.



그래서 흔히 논문의 reference는 refer + -ance의 합성어로

'direction to a book or passage'라는 의미로 쓰이게 된 것이다.
(책이나 구절로 (이동하다))

굳이 우리말스럽게 번역하자면 '참고 자료로~! ㄱㄱ!'같은 느낌이다.

더 알고 싶다면 그 논문으로 가라는 소리다. 은근히 무책임하다..



'refer to'는 그렇게 다른 곳으로 보내(?)버리는 듯한 느낌을 준다.

'refer me to a specialist'는 '나를 전문가에게 보냈다'

'refer to a case'는 '(뭔가를 해결하기 위해) 판례로 가다, 즉, 판례를 조회하다'

'refer to a dictionary'는 '사전으로 ㄱㄱ' 즉 '사전을 찾아보다'라는 뜻이 된다.

"더 궁금하면 도서관으로"라는 말도 결국

"더 궁금하면 도서관에 가서 여러 책을 찾아보고 참조해라"를 줄여 말한 것에 불과하다.



우리말에서도 '너 정치 좀 잘한다. 우리 익명이를 국회로!' 라는 뉘양스로

'누군가를 어디로 보내다'라는 식으로 사용하곤 한다.

여기에서 '~로!'라는게 딱 refer to의 느낌이라고 생각하면 된다.



아래는 예문이다.

'It is what a statistician would refer to as a type 2 error.'
(이것은 통계학자가 제 2종 오류라고 부르는 것이다.)

'You are, what the banks refer to as, a 'problem customer'
(당신은, 은행이 '문제를 일으키는 고객'이라 칭하는 사람이다.)

'The victims were not referred to by name.'
(피해자들의 이름은 언급되지 않았다.)

Involve 뜻

Involve는 '수반하다, 포함하다', '관련시키다, 연루시키다, '참여시키다' 등의 의미이다.

14세기 후반, involve는 'envelop, surround; make cloudy or obscure'처럼 쓰였다.
(envelop : 감싸다, surround : 둘러싸다, 흐리고 모호하게 만드는 것)

Old French에서 'involver'라고 쓰이기도 하고, 라틴어에서 'involvere'라고 쓰이기도 했다.



Involve는 'in'을 뜻하는 *en과 'to roll'을 뜻하는 'volvere'가 합쳐진 단어이다.

여기에서 '왜 in을 뜻하는 말이 *en이라는 어근으로 붙은거지?'라는 의심이 든다.

*en은 참으로 다양하게 사용되는 어근이기도 한데

상황에 따라서 en이 붙기도 하고 in이 붙기도 한다.

(1) "in; into"의 의미인 경우엔 en-

(2) "near, at, in, on, within"의 경우엔 endo, engine, enter, entero, episode

(3) "into, in, on, upon"의 경우엔 incite, increase, industry, inflict, innate 등으로 쓰인다.

실로 너무 다양하게 쓰여서 한 가지 의미로 요약하기 어렵지만

여하튼 대충 그렇게 느끼고 넘어가자.



'volvere'는 또한 어이없게도 어원이 '*wel-'에서 파생되었다고 한다. 엥?

*wel-은 'to turn, revolve'의 의미로, 휘어있고 무언가를 감싸는 물체를 지칭할 때 쓰였다.

그래서 *wel-이 사용된 단어들을 살펴보면

convolution (대단히 복잡한 것), devolve (<권리, 의무, 직분을> 양도하다, 맡기다, 지우다),

evolve (발달시키다, 진전시키다, 진화시키다), revolt (반란을 일으키다, 봉기/저항하다)

revolution (혁명) 등의 의미를 갖고 있다.

모두와 함께(con) 돌고 돌아 꼬여있어 매우 복잡한 것 (convolution),

갖고 있던 권리를 되'돌려'줘(*wel-) 지우는(de) 것 (devolve),

풀어내서 밀대로 밀어 쭉 펴나가(ex-)는 것 (evolve) 등등과 같은 어원을 가졌다.

왈츠 (waltz)도 'to roll, dance'라는 의미로, 같은 *wel-의 기원이라고 한다.



즉, 정리하자면

안으로(in) 휘어감아 같이 둘러싸이(*wel-)는 상태,

그래서 상황이나 사건에 연루시키는 것, 중요 요소로 수반/포함하는 것,

참여시키는 것이 바로 involve이다.

업계 용어(?)로 '(배그) 버스 탔다'도 이거랑 비슷한 맥락 아닐까 싶다.

스쿼드에 같이 편성됐다는 이유로 강제로 치킨당하는 것도

involved라고 말할 수 있을까.

Arbitrary 뜻

Arbitrary (adj.)는 '행동, 결정, 법칙 등이 임의적인', '제멋대로인'이라는 뜻이다.

어떻게 이런 의미가 됐을까?



15세기 무렵, 라틴어에서 유래한 단어로,

이 단어의 원형인 arbiter는

'deciding by one's own discretion, depending on one's judgment'
(한 사람의 재량, 한 사람의 판단에 의존한 의사결정)

'depending on the will, uncertain' 등의 의미를 갖고 있다.
(의지 혹은 불확실한 추측에 기반한 것)



그러면 arbiter가 무엇인지 더 정확히 알 필요가 있다.

어원사전에서 arbiter는 프로토스에 나오는 그 아비터가 맞다.

프로토스에서 아비터는 꽤나 고위급의 인사인데

원본의 의미는

'person who has power of judging absolutely according to his own pleasure
in a dispute or issue'
(논쟁이나 이슈에 있어서 그 사람이 가진 기호에 따라 판단할 힘을 가진 사람)
(pleasure는 his own liking 혹은 however he wants의 의미로 쓰인다고 함.
순전히 본인이 참견 참여하고 싶어하는 것을 의미함.)

이다. 그래서 아비터는 유닛을 얼려버릴 수 있나보다.

쉽게 생각하면 '재판관'같은 느낌이라고 할 수 있겠다.



그래서 '재판관같은', '독단적인 판단을 하는'이라는 의미로

arbitrary라는 단어가 탄생한 것 같다.

다음부턴 이 단어를 보면 아비터의 얼리기 스킬을 떠올려보자.

abreast 뜻

Abreast는 'side-by-side'를 의미하는 'a-'와
(side-by-side : 나란히)

'with breasts in line'의 breast가 합쳐진 단어로
(in line : ~와 일직선을 이루는)

'항상 최신의 상태를 유지하고 있는'이라는 뜻이다.
(stay up-to-date)

어떻게 이런 개소리의미가 성립하게 된걸까?



'a-' 는 여기에서 '나란히'라는 뜻으로 사용되었다.

'on, in, into'라는 뜻으로서 'alive, above, asleep, aback, abroad' 등이 사용되기도 하고

'off, from'의 의미로서 'anew, afresh, akin, abreast'와 같이 쓰이기도 한다.

여기에선 이 두번째 의미로 쓰인 것이다.



'breast'의 사전상 1번 의미는 여성의 유방(...)이다. 당장 구글링만 해봐도 알 수 있다.

게르만 초기 언어로서 brust/breust 등으로 쓰인 이 단어의 문자 그대로 뜻은

다름아닌 'swelling'이다.

그 뿌리격인 bhreus는 'to swell, sprout'라는 의미로, 말 그대로

씨앗이 발아하여 부풀어오르는 형상(...)을 일컫는다.



이런 'breast'의 동사형 의미는 '(꼭대기에) 오르다, 가슴으로 밀다좋다'이다.

근데 예문을 자세히 들여다보면 왜 이런 의미인지 알 수 있다.

'As they breasted the ridge, they saw the valley and lake before them.'
(그들이 산마루에 오르니 눈앞에 계곡과 호수가 보였다)

'He strode into the ocean, breasting the waves'
(그는 가슴으로 파도를 가르며 바다 속으로 성큼성큼 걸어 들어갔다)

1590년대에 사용된 의미는 'to push the breast against'로, 여전히 가슴이라는 말은 맞다.
(가까이 맞닿게 하여 가슴으로 미는 것)

그런데 1850년대에 이 표현이 진화하면서 비유적인 표현으로

'meet boldly or openly'이라고 쓰였다.
(대담/뻔뻔하고 공개적이게 만남을 가진다)

이런 사용법은 'breasting the waves'같은 표현에 적합하다.

또한, 'sprout'의 의미로, 점점 높게 꼭대기 정상을 향해 나아가고 있는 것도 의미한다.



이렇게 해서 '자라나고 있는 새싹처럼 점점 부풀어오르고 있는 가슴 상승하고 있는 기세를

나란하게 따라가고 있는 것을 일컬어 'abreast'라고 한다.

아래는 구글링한 예문이다.



Journal of Computational Biology is the leading peer-reviewed journal in computational biology and bioinformatics, publishing in-depth statistical, mathematical, and computational analysis of methods, as well as their practical impact. Available only online, this is an essential journal for scientists and students who want to keep abreast of developments in bioinformatics.

Q : When a woman hugs a man and presses her breasts tightly against his body, does it mean anything sexual to her?
A : I give real hugs to my guy friends (even ones I fuck) all the time and I've never thought about my breasts pushing up against them. So, I'd say no.
ㅠㅠ김칫국

Specification 뜻

Specification은 사전에서 '설계 명세서' 혹은 '시방서'라고 한다.

이 단어는 어원사전에서

'어느 품질 척도를 기준으로 만들어내는 것에 관한 방법(act)'
(act of investing with some quality)
이라고 설명한다.

중세 라틴어인 specificationem (specificatio의 주격)에서 유래했는데

어떤 '행동'에 대해서 특별히 언급하고 싶을 때 사용한다.

'이렇게 저렇게 만들어야 한다'라는 '행동'에 관한 규정이다.



이 단어는 specific이라는 단어와도 연관이 깊다.

Specific은 어원사전에서

'어느 특별한 퀄리티를 가진 것'이라고 표현한다.
(having a special quality)

이는 후대 라틴어인 specificus에서 유래했는데

'어느 종류로 분류하는 것으로 여겨지거나, 그 종류의 것'을 의미한다.
(constituting a kind or sort)

우리말로는 '특정한 것'이라고 해석된다.

그래서 species는 고유의 특정한 것,

바로, 생물에서는 생식의 기본 단위인 '종'이다.



Species는 'special case'로도 말할 수 있는데, 그래서 spek-이라는 어조사가 널리 쓰인다.

일반적인 특징들과는 별개로 '관찰을 통해 그것을 구분/구별되게 하는 특징'을

우리는 '스펙'이라고 부른다.

*spek-에 in이 합쳐지면 inspect가 되어, 안에 들어가(in) 관찰하고 구분한다는 의미로

'사찰하다, 점검하다, 검사하다'가 된다.



이 모든 뜻을 종합해보면 specification의 뜻은 어느정도 짐작이 간다.

재료에 대한 성질이나 특성(spec)은 그 자체로서 다른 것과는 구분되는 고유한 특징이다.

또한, 그런 특성을 갖도록 규격에 맞추어 제작하도록 규정한 문서가 specification이다.

당신의 자소서에 적는 당신의 경험들도 남들과는 차별화된 당신만의 spec이고

그래서 그것은 경력이라고 한다.

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(열려있던 창들은 종료되지 않고, 다른 데스크톱으로 병합된다)



여러 작업을 동시에 처리할 때에

작업의 특성별로 데스크톱을 분리하면

보다 효율적으로 업무를 진행할 수 있을 것 같다.

CentOS에서도 workspace를 분할하는 기능이 있었는데

그 기능을 따라한건 아닐까 하는 생각도 든다...