2019-07-15

DMSO 역할 및 독성

0. DMSO는 dimethyl sulfoxide의 약자다.

(DMSO가 생긴 모양.


1. DMSO는 cell culture에서 자주 등장하는데, 실로 역할이 다양하다.



DMSO는 polymerase chain reaction (PCR)에서 DNA template나 DNA primers에서

secondary structures의 형성을 방해하는 역할을 한다.

DNA가 쫙 펼쳐져있어야 PCR이 원활하게 일어날 수 있을테니 납득할 수 있겠다.



DMSO는 cryoprotectant에서도 쓰일 수 있다.

cell media에 DMSO를 섞어주면 동결 과정에서 얼음 형성으로 인한 세포 타격을

줄여주는 효과가 있다.

약 10% 농도의 DMSO에서 slow-freeze method를 썼을 경우,

세포가 영하 80 °C에서 동결되고, 액체질소에서 안전히 보관할 수 있다.



2. DMSO는 toxicity로 유명하지만, 에탄올보다도 독성이 약한 용매다.

쥐에게 경구투여했을 때 DMSO의 LD_50은 14,500 mg/kg, 에탄올은 7,060 mg/kg이다.

술보다 위험하다! 보드카로 위장 살균



초기 임상시험에선 DMSO의 사용이 제한됐었는데 그 이유가 바로 안전성 때문이었다.

특히 DMSO는 눈에 치명적으로 작용하는 특징이 있다.

게다가 잘 알려진 부수적인 증상으로는 피부에 닿았을 때두통, 화끈거림, 따가움

등이 보고되었으며, 알러지 반응도 있다고 알려졌다.

피부를 통해 흡수되어 독성을 나타낼 수 있으며, 그로 인해

blood thinners, steroids, heart medicines, sedatives, 기타 약물들의

효과를 향상시키는 효과가 있는 것으로 생각되어지고 있다.

그러나 몇몇 경우엔 유해하기도 하며, neurotoxin을 일으키기도 한다.



3. DMSO는 cell culture 시에 water insoluble compound를 녹이는 데에도 사용된다.

ResearchGate에서도 이미 올라온 질문들을 찾을 수 있었다.



Cell culture에 DMSO soluble compound를 처리하는 데에 좋은 방법이 있냐고 묻는 글.

HepG2 cell에 DMSO soluble compound를 처리하려 하는데

물에 녹였더니 침전물이 생겨버린 것이 문제였다.

어떻게 실험을 진행하는지를 물어보고 있다.

답변들은 주로 최종 농도로서 0.1~0.2% DMSO를 권장하고 있으며

따라서 1 mL에 1~2 uL 정도가 되도록 넣는게 좋다고 말하고 있다.

10% DMSO를 쓰는 방법도 말해주고 있으나, 이것도 침전물이 생길 수 있다.

나도 10% 써봤다가 침전물 생겼다..



그러나 세포에 따라 DMSO의 독성이 나타나는 농도가 다를 수 있다.

HL-60, PC-3, HepG2 cell에선 DMSO에 의한 toxicity가 나타나는 지점이

약 2% 부터라는 답변도 있었다.

그러니 세포가 치명적으로 죽지만 않는다면 DMSO의 final concentration은

높으면 높을수록 좋다는 의미가 된다.

예비 실험을 통해서 이 농도를 확인 후 본 실험을 진행하는 것도

하나의 방법이 될 수 있겠다.



이 링크에서 0.6% DMSO를 HeLA.S-Fucci cell에 처리한 후

30 분 간격으로 48 시간동안 사진을 촬영해서 타임랩스로 만든 영상을 볼 수 있다.



4. DMSO soluble compound를 A549에 농도별로 처리하기 위해

PBS나 water 대신 DMSO를 써서 희석시켰다.

96-well plate에 media는 100 uL이고, treatment는 1 uL를 했다.

v/v로 보면 1%인 셈.

0.5 % 정도로 final concentration을 맞춰주고 싶다면

마음 편하게 well당 180 uL 정도씩 넣어줘도 된다.

암세포 녀석들은 죽지 않는다. 다만 덜 자랄 뿐이다.



5. 더 찾다보니 나온...

1998년에 '냉동 보관제의 농도 변화가 신경 세포 생존율에 미치는 영향'이라는 논문이

친절히도 한글로 나와있으니, 동화책 읽듯이 읽어보는 것도 좋다.

더 찾아 읽어보면 '실험실에선 이렇게 저렇게 썼었는데, 이렇게 깊은 뜻이?'라며

놀랄 수 있다.

2019-07-10

hemocytometer 메모

Hemocytometer를 이용한 counting의 경우 1mm² 한 칸에 들어있는 cell 수가 50-100개면 적당하고 그 이상인 경우 정확도가 떨어지므로 sample을 더 희석하는 게 좋다.

Hemocytometer의 1mm² 한 칸의 volume은 0.0001ml(length x width x height : 0.1cm x 0.1 cm x 0.01cm = 0.0001cm³ = 0.0001ml)이므로 count한 cell 수의 계산은 sample 1ml당 1mm²한 칸에 든 평균 cell 수에 10⁴를 곱한 수만큼 cell이 있다고 생각하면 된다.

예를 들어, count한 cell의 수가 105인 경우, sample 1ml안에는 105 x 10⁴= 1.05 x 10^6개만큼의 cell이 있다고 계산하게 된다.

출처 - http://blog.naver.com/deviliana/130036265249


2019-07-02

CentOS file manager open from terminal

명령어 :

$ xdg-open .
: directories

$ xdg-open file
: files

식품기사 수험생이 과산화물가 측정하는 방법

수험자 : 미끄럽다. 아직 닦이지 않은 수산화나트륨이 손 끝에서 춤을 춘다. 하지만 걱정 마라. 라텍스 장갑을 꼈으니까.
요오드화칼륨을 포화용액으로 만든다. 뷰렛에 티오황산나트륨을 붓는다. 초산과 클로로포름을 3:2로 섞는다.

감독관 : 동작 그만! 페놀프탈레인이냐?

수험자 : 뭐야?

감독관 : 산패된 기름 시료에 초산 15mL, 클로로포름 10mL을 넣고 KI와 전분시약 대신에 페놀프탈레인을 넣었지?
내가 빙다리 핫바지로 보이냐 이 새끼야?

수험자 : 증거 있어?

감독관 : 증거? 증거 있지.
이거. 이거이거이거, 알루미늄 호일 아니여?
자 모두들 보쇼. 삼각 플라스크를 호일로 감싸서 색 변화를 감추시겠다, 이거 아니여?

수험자 : 실험 실습교과서 쓰고 있네 미친 새끼가!

감독관 : 으허허허허허허

다른 수험자 : 관리위원, 그 플라스크에 호일 까봐. 혹시 핑크색이야?

감독관 : 뚜껑 건들지 마! 막자사발 날라가붕게.
채점표 갖고 와.

참관 교수 : 정말 이렇게까지 해야 돼?

수험자 : 잠깐. 그렇게 깐깐하게 해야겠어?

감독관 : 허튼 지시약 쓰다 걸리면 탈락하는 거 안 배웠냐?

수험자 : 좋아. 이 플라스크가 핑크색을 띠지 않는다는 거에 내 수험료 모두하고 다른 기사자격증들을 건다. 쫄리면 뒈지시던지.

감독관 : 이 씨벌놈이 어디서 피펫을 들어?

수험자 : 씨벌 천하의 감독관이 종말점 판별은 왜 이렇게 못해? 색약있냐?

감독관 : 색약? 허허허허허허. 오냐, 오늘 내 임금 모두하고 기사자격증을 건다. 둘 다 자격증이랑 수험표 걷어!

감독관 : 준비 됐어? 호일 벗겨볼까? 자 지금부터 확인 들어가겄습니다잉. 따~라란 따라란 따 ㄲ쿵짝짝 쿵짝짝 따라리라라릴

관리위원 : 청남색이네?

참관 교수 : 청남색이야?

감독관 : 내가 봤어. 이 씨X놈 페놀프탈레인에서 스포이드 꺼내는거 똑똑히 봤다니께!

수험자 : KI는 암실에서 반응시키지 않으면 발색하지 않는다. 안 배웠어? 뭐해, 감독관 자격증 안 찢고?

감독관 : 야! 이 씨X놈 수험표 찢어!



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* KI 포화용액을 만들 때엔 7g을 3mL에 녹이면 충분하다.
--> 갓 제조한 KI 포화용액을 사용해야 한다. 시간이 지나면 노란색으로 변하기 시작한다.
--> 청남색이 나지 않는 이유는 대개 이 단계 때문이다.

* KI는 암실에서 반응시켜야 한다. 최소 5분, 권장 10분은 반응시켜주는 것이 좋다.
--> KI는 빛과 습기에 민감한 물질.
--> 청남색이 나지 않는 두 번째 이유가 바로 이 단계 때문이다.

* 청남색에서 무색으로 변하는건 상층액. 기름 색깔은 변하지 않을 수 있다.
--> 투명색을 잘 관찰하기 위해 바닥에 뭔가를 깔아두는 것이 좋다.

* 티오황산나트륨 1/100 N, 산패시킨 식용유 10 g 기준으로, 적정량 4~5 mL정도 나왔다.
--> 총산도나 알칼리 표준용액 조제처럼 시원하게 15 mL씩 쭉 부어버리다간 망한다.

* KI와 전분시약을 반드시 2~3 방울만 넣어야 할 필요는 없다.
--> 반응식 보면 알지만, KI와 전분시약의 양은 상관없다. 1.0 mL씩 쭉 부어버렸다. 잘 된다.